2007年2月14日，国务院第169次常务会议通过《国家自然科学基金条例》，并于2007年4月1日颁布施行。共计七章四十三条。 2024年10月25日，国务院总理李强主持召开国务院常务会议。
会议审议通过《国家自然科学基金条例（修订草案）》。
    这一修订草案标志着国家自然科学基金将迎来17年来的首次重大调整，旨在加强基础研究，推动科技强国建设。会议指出，加强基础研究是建设科技强国的重要支撑。要强化基础研究前瞻性、战略性、系统性布局，加大对重大原创性、交叉学科创新等项目资助力度，培养青年科学技术人才，为实现高水平科技自立自强奠定更加坚实的基础理论支撑和技术源头供给。要支持更多社会力量参与基础研究，鼓励企业和其他组织投入资金开展联合资助，建立科技创新合作机制，凝聚推动科技创新的强大合力。要依法规范国家自然科学基金管理，坚持公开、公平、公正，健全绩效评估机制，严惩违背科研诚信等行为，营造风清气正的科研作风学风。 此次通过的《国家自然科学基金条例(修订草案)》集中了大量引人注目的改革措施，以下几点尤为值得关注： 加大对重大原创性、交叉学科创新等项目的资助力度。这一措施将突破传统单一学科的限制，鼓励不同学科之间的交叉与合作，促进多学科融合的新型科研模式。 培养青年科学技术人才。
    法规强调了青年人才的重要性，提出要通过各类项目与资源倾斜，进一步吸引与培养青年科研人才，为未来科技进步提供持续动力。 支持社会力量参与基础研究。鼓励企业和其他组织投入资金与科研机构之间建立合作关系，共同承担基础研究的资金与资源，打造更为开放的创新生态。同时，也为跨界合作提供了基础，推动科研成果的市场化与应用化。  强化基金管理的公开、公平、公正。通过健全绩效评估机制、严惩违背科研诚信的行为，此次修订旨在营造一个风清气正的科研环境，确保每一笔公共资金的合理使用与高效回报。